"Граница" и таможня находятся в здании вокзала в Женеве. Вы ее по-любому проходите, чтобы попасть на поезд. Обычно они ничего и не спрашиавают, но можно всегда попросить поставить штампы (и франщузский и швейцарский), если они вам необходимы. В поезд никто заходить не будет и ближайшая остановка в Bellegarde минут через 30 после отправления уже на французской стороне.