Я бы на Вашем месте с консулом пообщалась заблаговременно. По-моему достаточно телефонного разговора. Женщина на приеме может и возьмет документы, но принимает решение о выдаче визы консул и он имеет право отказать в ней без объяснения причин. Соответственно вероятность такого исхода больше, если у него аврал, и Вы не озаботились тем, чтобы объяснить Вашу ситуацию.
В австрийском посольстве, конечно, все кривовато организованно, но люди вполне вменяемые и доброжелательные. Просто если Ваш случай отличается от обычного, не надо заниматься его выяснением тогда, когда они зашиваются, они просто не станут вникать.
Из личного опыта двухгодовалой давности:
У мужа паспорт заканчивался на 5 дней раньше, чем требуемые 3 месяца со дня окончания поездки. Он позвонил в посольство, объяснил ситуацию. Консул сказал, нет проблем, записал фамилию, сказал, что передаст женщинам сидящим на приеме, чтобы приняли документы. Никаких проблем больше не возникло.
Консулов, похоже, несколько, поэтому на всякий случай стоит запомнить имя того с которым Вы говорили, чтобы иметь возможность ссылаться на него.