При живом шенгене, транзитную визу дают без звука, но точно по времени действия шенгена. Но от стояния в очереди в посольстве это не избавляет.
Кроме того, как справедливо было замечено, в консульском отделе в посольстве исключительные козлы сидят. легко могут переврать все, что только возможно.
Правда чешские погранцы об этом свойстве московского посольства знают и не зверствуют. Разговор, мной слышанный в вагоне:
- Это где вам так визу оформляли?
- в Москве
- Ааа... (Ставят штамп, возвращают паспорт)

Про билеты: (по состоянию на прошлый год)
Скидок за туда-обратно нет.
Детская скидка (до 12 лет) 50% от базового тарифа + плацкарта полностью
Групповая скидка для групп от 6ти человек вычисляется хитро, у нас получилось около 30%, ребенок считается за полчеловека
С обратными билетами проблемы могут быть, вагон-то всего один, как австрияки и наши делят места - сказать трудно. можно рискнуть купить билеты с открытой датой, а плацкарту покупать в Вене. (цена плацкарты фиксирована везде имхо. Что-то около 12 евро)

Интересно выяснить еще, есть ли прицепной вагон до Мюнхена - тогда с Чехами вопрос отпадет