Чешская виза не зависит от того, как брать билеты :-)
Оформить ее может и агентство конечно, (если оно имеет аккредитацию)
Но заплатить за нее все равно придется.
В низкий сезон экономии на взрослых почти не получится - билеты до вены обойдутся примерно в 200 - 220, + 40 виза, а билеты на чартер в низкий сезон падают ниже 300. Если все оформлять через фирму, боюсь, разница будет пренебрежимо мала. Плюс дорога от Вены тоже денег стоит (хотя, если машину брать планируется, то это без разницы) Вот на ребенке экономия получается немалая, даже в низкий сезон - виза ему не нужна, а на билет скидка почти 50%
У нас ребенка было два, поэтому выигрыш в деньгах получился немалый.

Но и сама Вена и путешествие по Австрии на поезде мне очень понравились, так что, если самому билетами не заниматься, я бы с удовольствием повторил.