А ботинки нежелательно сдавать в багаж, лучше взять с собой? - ну почему нежелательно-то? Вы же их не по-отдельности сдавать будете, наверное в сумку положите ? :))Вот её и сдавайте , проблем никаких.

Еще к сведению - на чартерных рейсах лыжи не взвешивают, так что проблем с оплатой перегруза нет. А вот насчет Аэрофлота я не знаю - вы не выясняли этот вопрос? Самому было бы интересно узнать