Однозначно брать машину в аэропорту в Мюнхене, проще и дешевле. Хотя в Маерхофене, если жить в городе, а не на дальних хуторах, машина вообще не нужна - ски-басы отлично ходят, поезд удобный по всей долине. Из Мюнхена прямо из аэропорта можно поездом в Маерхофен приехать с парой коротких пересадок, если несколько человек, берете групповой дневной билет, дешево до смешного, а в Маерхофене такси 5 евро за 1 поездку по городу.
У кого дешевле - зависит от имеющихся у вас скидок, класса машины и прочих условий (страховка, зимняя резина и другое оборудование). Вот например дискуссия на эту тему http://ftour.otzyv.ru/read.php?id=36144