Будут ли иметь одинаковую базу ботинки разного уровня, назначения и годов выпуска (например Comp 120 FR и VEC-S 50), но одного размера? Или в общем случае это не верно?

Именно так - "в общем случае это неверно" ;=))
Пример - у LANGE X Zero 9.0 и LANGE L10 размеров 9 и 9,5 база составляет 313 мм, а у LANGE Comp 120MF и 120LF этих же размеров база составляет 317 мм. Отличие не слишком велико, но оно есть... ;=))